El 23 de junio del 2001, un fuerte terremoto sacudió Arequipa. El terremoto dañó seriamente la estructura de todo el monasterio, y su restauración demandaría la inversión de fuertes sumas de dinero. La Comunidad de religiosas decidió emprender la refacción del templo y postergar la restauración de numerosos ambientes internos que hasta hoy permanecen apuntalados y sin uso. El propósito de reunir fondos que permitiesen afrontar la restauración de todo el Monasterio y a la vez compartir la belleza de sus obras de arte con el mundo, hizo que las madres decidieran abrir parte de su monasterio como Museo de Arte Virreinal. Los trabajos de acondicionamiento de ambientes arquitectónicos e instalación de sistemas de seguridad e iluminación se iniciaron enseguida. Paralelamente se comenzó a trabajar en el inventario de las colecciones, la conservación de algunas obras y el diseño museográfico. Este trabajo demandó 4 años, hasta que finalmente el 16 de junio de 2005 abrió sus puertas el Museo de Arte Virreinal de Santa Teresa de Arequipa.

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